「ワンストップ特例制度」と「確定申告」では、控除される内容に違いはありますか？

はい。

• 「ワンストップ特例制度」の場合
  住民税のみが控除されます。(所得税の還付はありません。)
• ご自身で確定申告を行う場合
  寄付を行った年の所得税が還付され、翌年の住民税が控除されます。

※基本的には、上記どちらでも控除額は同額になります。明確な控除の違いをお知りになりたい方は、お近くの税務署、もしくは税理士へお尋ねください。