ワンストップ特例制度に必要な書類に記入漏れがあった場合や申込み期日を過ぎてしまった際の対処法はありますか？

ご自身で確定申告を行っていただく必要があります。
また、ワンストップ特例制度を利用した寄付の一部に申請漏れがあった場合も、申請済みの寄付分と併せて確定申告をお願いいたします。